الاتحاد الأوروبي يتواجد في إسرائيل والأراضي الفلسطينية على مختلف المستويات:
- وفد الاتحاد الأوروبي إلى دولة إسرائيل،
- مكتب لجنة المساعدة الفنية الأوروبية ECTAO) European Commission Technical Assistance Office) ،
- المندوب الخاص للاتحاد الاوروبيلعملية السلام في الشرق الأوسط (EUSR)،
- بعثتان تابعتين للاتحاد الاوروبي: البعثة الأوروبية لتقديم الدعم إلى الشرطة الفلسطينية EUPOL COPPS وبعثة الاتحاد الاوروبي للمساعدة الحدودية في رفح EUBAM
- قسم المساعدات الانسانية التابع للمفوضية الأوروبية (ECHO)
وفد الاتحاد الأوروبي إلى دولة إسرائيل افتتح رسميا في عام 1981 كوفد مبعوث من المفوضية الأوروبية. ومع بدء سريان معاهدة لشبونة في 1 كانون الاول / ديسمبر 2009، فان الوفد يمثل في اسرائيل الاتحاد الأوروبي ككل. وقد تم تعيين رئيس الوفد، أندرو ستاندلي ، كالممثل الرسمي للاتحاد الأوروبي لدولة اسرائيل.
أنشئ مكتب المفوضية الاوروبية للمساعدات الفنية في عام 1994، في سياق اتفاقات أوسلو، من أجل تطوير مساعدات الاتحاد الاوروبي للفلسطينيين والمساهمة في بناء المؤسسات لاقامة دولة فلسطينية مستقبلية. خلال الفترة، 1994-2009 ، قدمتالمفوضية الأوروبية أكثر من 4 ملياراتيورو لدعم الشعب الفلسطيني. ومنذ شباط / فبراير 2008، أكثر مساعدات الاتحاد الاوروبي للسلطة الفلسطينية تتم بواسطة آلية بيغاس (Palestino-Europeen de Gestion et d’Aide Socio-Economique).آلية بيغاستعود بالفائدة على كل من الضفة الغربية وقطاع غزة.
تم تعيين السفير مارك أوت المندوب الخاص لعملية السلام في الشرق الأوسط (EUSR) من قبل مجلس العمل المشترك في 14 تموز/ يوليو 2003. وتتلخص مهمته فيتقديم التواجد والحضور والدافع السياسي لجهود الاتحاد الأوروبي من اجل التوصل إلى تسوية نهائية للنزاع الاسرائيلي الفلسطيني. المندوب أوت يمثل الاتحاد الأوروبي في الاجتماعات التحضيرية للجنة الرباعية، وهي مجموعة تتألف من الاتحاد الاوروبي والامم المتحدة والولايات المتحدة وروسيا والتي أنشئت في مدريد في عام 2002. احدى مهماته هي المحافظة على اتصال مع البعث العاملة في الأراضي الفلسطينية: البعثة الأوروبية لتقديم الدعم إلى الشرطة الفلسطينية وبعثة الاتحاد الاوروبي للمساعدة الحدودية في رفح التابعة للاتحاد الأوروبي, بالاضافة الى تقديم الدعم إلى رؤساء البعث.
البعثة الأوروبية لتقديم الدعم إلى الشرطة الفلسطينية (EUPOL COPPS)هي البعثة الثانية التابعة للاتحاد الاوروبي في الاراضي الفلسطينية, العاملة باطار سياسة الدفاع والامن المشترك, تهدفالبعثة الى بناء القدرات المؤسسية الفلسطينية.تم إنشاؤها في يناير 2006 ومقرها في رام الله، تهدف البعثة الى المساهمة في إقامة ترتيبات شرطية مستدامة وفاعلة وتنصح نظرائها الفلسطينيين في العدالة الجنائية وسيادة القانون كما وتؤيد إنشاء قانون عقوبات ونظام قضائي فلسطيني فعال.
المفوضية الأوروبية لديها قسم دائم للمساعدات الانسانية (ECHO) في القدس ومكتب فرعي في غزة. ولاية قسم المساعدات الانسانية التابع للمفوضية الأوروبية هو تقديم المساعدة في حالات الطوارئ والإغاثة إلى ضحايا الكوارث الطبيعية أو النزاعات المسلحة خارج الاتحاد الأوروبي. تقدم المساعدات الى من هم في ضائقة، بغض النظر عن العرق أو الدين أو المعتقدات السياسية. مهمة قسم المساعدات الانسانية التابع للمفوضية الأوروبية تتمثل في ضمان وصول السلع والبضائع والخدمات إلى مناطق الأزمات بسرعة. منذ عام 1992 ، وعبرتمويل قسم المساعدات الانسانية التابع للمفوضية الأوروبية، تُقدم المساعدات الى ما يقارب 20 مليون شخص سنويا في أكثر من 90 دولة من خلال 200 شريك (المنظمات غير الحكومية والصليب الأحمر والهلال الأحمر ووكالات الأمم المتحدة).
وتغطي الامدادات لقسم المساعدات الانسانية التابع للمفوضية الأوروبية المساعدات الطارئة والمساعدات الغذائية والمساعدات للاجئين والمشردين التي تبلغ قيمتها الاجمالية أكثر من 800 مليون يورو سنويا. منذ عام 2000، قدمت المفوضية الأوروبية 550 مليون يورو في المساعدات الإنسانية لتلبية الاحتياجات الأساسية للفلسطينيين في الضفة الغربية وقطاع غزة، وكذلك اللاجئين الفلسطينيين الذين يعيشون في الأردن ولبنان وسوريا.